在一个叫“神奇宝贝”的世界里有着一种生物——神奇宝贝。不管是在陆地上、海洋里、天空中、森林里、火山中、雪山中、城市里，都有他们的影子。人们和神奇宝贝一起战斗、一起生活、一起成长……。 在神奇宝贝世界的一个无边无际的空间里一只蜷曲着的大型紫色神奇宝贝，而在它的对面是一只蓝色的大型神奇宝贝。它们在这里激战了很久很久，已经不知道过了多久它们的体力快不行了，各自用出了大招。紫色精灵的手划出一道弯月，蓝色精灵的嘴里射出一团能量球。 “轰” 两股强大的能量碰撞在一起，周围的空间、时间仿佛破碎了似的…………。 在一个昏暗的房间里，在一台电脑前，一位正在玩口袋妖怪的少年。“乎～，终于抓到你了。”少年道。这位少年叫阿桂，是一个高中生，他从小就很喜欢神奇宝贝，父亲在阿桂刚出生的时候就去世了，母亲在阿桂还是读小学的时候也去世了，他也没有什么亲人，他可以说是生无可恋了。突然，在他的身后出现了一个犹如深渊的黑洞，“啊”强大的吸引力把阿桂吸了进去。里面，像一条长长的隧道，阿桂在嘶吼着，阿桂觉得自己的身体像不存在一样，不知道过了多久在他的背后出现了光明，这光明有着强大的吸力把阿桂吸了进去......。 ...... “生了，生了，是个男孩。”一个父亲高兴的叫着。 两年后 在一个晴朗的早晨，在一个明亮的房间里的一张床上静静的躺着一个人，斜阳射在了他的脸上，睁开眼，“少年”看到了白色的天花板，在心里想“这是哪？”他站了起来看向四周，这是一个干净、整洁的房间，他来到了镜子前看了看自己，他惊讶的发现自己变成了一个两三岁的孩子，粉嫩光洁的皮肤，一头浓黑的头发，大大的眼睛仿佛闪着光。他在心里想“这是怎么回事？是不是我穿越了？”正当他惊讶的时候。 门开了，走进来了一男一女，他们好像是四十几岁的样子。女的对着男孩道:“宝贝你醒了，走，去吃早饭。”男孩在心里想“这是我妈妈？”男孩下意识的答应了一声。来到餐厅，在里面有一个蛋型生物正在摆碗具。男孩看着发呆，因为他再熟悉不过眼前这个生物了—...